Código php:
Ver original$nombre_archivo=str_replace(" ","",$file['name']); // Aquí una expresión regular indicando los caracteres válidos 
  
No te funciona? 

 Te sale algún error? No reemplaza?.  
Si lo que deseas es quitar caracteres extraños de un nombre de archivo, puedes usar 
esta función que hice hace algún tiempo:    
Código php:
Ver originalfunction replace_filename($str, $min = 0) {
} 
 
$archivo = "Múltiples mp3's & wma's (Por MyOkra\m).zip";
$archivo = replace_filename($archivo);
echo $archivo; //M_ltiples_mp3_s___wma_s_(Por_MyOkra_m).zip
  
Se basa en 
expresiones regulares. Lee algo más al respecto. 
Saludos,