me parece o dices que:
toda tu informacion se encontraba en el disco/partición "D".
también dices que usando una aplicación x instalaste el Ubuntu en el disco/partición "D".
ahora dices que al arrancar, asumo usando Windows únicamente vez el disco/partición "C".
si esto es correcto pues es el resultado lógico, desde Windows no puedes ver una partición Linux en este caso con Ubuntu en "D", solo verías la "C" que esta con Windows, en cambio desde Ubuntu si podrías ver ambas.
pero si instalaste el Ubuntu en "D" pues la lógica me dice que perdiste todos los datos que tenias ahí, básicamente porque para poder instalar el Ubuntu tendrías que haber formateado ese disco/partición Windows, digamos Fat32 ó NTFS, para convertirla en una partición Linux digamos Ext3.