Hola como te va.
Claro, cuando ejecutas tu aplicacion se copia en otro directorio, incluso luego que generes tu instalador se seguira copiando en otro lado, en el directorio de cada usuario. Por lo tanto yo lo que supe hacer cuando tenia una base de datos adjuntada era poner la ruta completa en la cadena de conexion para ir guardando los datos y despues poder verlos, algo como "c:\misBases\mibd.mdf" y luego cuando terminaba la aplicacion y antes de generar el instalador le ponia la cadena de conexion normal.
Ahora donde poner tu cadena de conexion podes usar el appconfig e muy comodo de usar.
Fijate en estos links:
http://www.elguille.info/NET/dotnet/appSettings1.htm http://www.microsoft.com.nsatc.net/c...r=ES&sloc=&p=5