No es fácil de responder. Podrías recorrerlos con un bucle for in y ver si comparten las mismas propiedades y métodos, pero eso no te asegura que sean iguales, ya que puede haber propiedades o métodos que no se muestren con un bucle for in (propiedades y métodos privados u ocultos con clausuras, por ejemplo). También en algunos casos podrías usar el operador instanceof (si fueron creados con una función constructora e instanciados con el operador new), pero eso también podría mostrarte falso en algunos casos en los que sí sean iguales. También podrías usar la propuedad constructor para ver si fueron creados con la misma función contructora, pero pasa algo semejante a lo anterior.
En resumen, no creo que pueda hacerse de manera segura.
Acá hay algo interesante, pero que no soluciona la indefinción que menciono:
http://developer.mozilla.org/en/Core..._Relationships