Por lo que veo... esto es un error:
Código HTML:
document.forms['jugadores_equipo'].submit()
location.href = '?mod=calcula_puntos&equipo='+equipo+'&jornada='+jornada;
Ya que estarias enviando el formulario a ningun lado (puesto que action es #) y luego llendo a la misma pagina con los datos de mod, equipo y jornada solamente.
Lo que deberias hacer es algo como esto:
Código HTML:
<form name="jugadores_equipo" action="<?=$_SERVER['PHP_SELF']?>?mod=calcula_puntos" method="post">
Y en tu php leer todo en $_POST exceptuando la variable mod que va a estar en $_GET
Suerte!