Bueno, actualizo los trozos de fichero, no eran así, les faltaba una parte
<result>
<line number="1">aplica1#ls - /;ls -l /var#echo "arranca" </line>
<line number="2">aplica2#ls - /;ls -l /var#echo "arranca2" </line>
</result>
y
<lines count="2">
<line number="1"><apli>aplica1</apli><stop>ls - /;ls -l /var</stop><start>echo "arranca"</start></line>
<line number="2"><apli>aplica2</apli><stop>ls - /;ls -l /var</stop><start> echo "arranca 2"</start></line>
</lines>