Mira, yo te pondré un ejemplo simple con un desplegable, que es de lo que hablamos:
tengo un div menú con el menú desplegable, que tiene un z-index 20; pongo debajo un objeto flash con z-index 1.
Sin el parámetro wmode, ocurre esto:
http://www.araudi.net/forosdelweb/ej...sin_wmode.html
por mucho z-index que pongas.
Al ponerle ese parámetro (que es la única diferencia que hago, te doy mi palabra), ocurre esto:
http://www.araudi.net/forosdelweb/ej...ble_wmode.html
Ábrelo con firebug y haz todas las pruebas que quieras.
Es cierto que actua la trnsparencia como dices en el cuerpo del objeto, pero mira lo que ocurre en ambos casos cuando el menú cubre las partes sólidas del objeto flash.