Aparece, pero sin él funciona igual (en Firefox). El transparent afecta únicamente al color de fondo. No pretendo discutir sobre esto, está bastante documentado
http://kb.adobe.com/selfservice/view...nalId=tn_14201
Sin embargo sí que dice que permite el "layering" de contenido flash, es decir, quizá sin el WMODE no te deje incluir el flash en una capa. Eso lo dejo a la experimentación. Pero de todos modos, si una capa está encima de otra, independientemente del WMODE=transparent, el z-index ha de ser menor para la capa del flash.