Lo del z-indez sólo me ha funcionado cuando le asigno un valor negativo al elemento que queda encima del formulario:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Documento sin título</title>
</head>
<body>
<div style="z-index:10"><form id="form1" name="form1" method="post" action="" >
<input type="button" name="Submit" value="Botón" onclick="alert(123)" />
</form></div>
<div style="position:absolute; width:200px; height:200px; left: 5px; top: 0px; ; z-index:-1; background-color: #9900CC; layer-background-color: #9900CC; border: 1px none #000000;">Colocar aquí el contenido de la nueva etiqueta Div</div>
</body>
</html>