La verdad es que es una gran duda.
En teoría, lo primero que hace el robot de google al acceder a un sitio, es visitar el archivo robots.txt, por lo tanto, en tu caso, lo primero que revisa es el archivo robots.txt y luego seguiria la redireccion del .htaccess.
Pero para no tener preocupaciones quizas sea conveniente colocar un robots.txt en la carpeta:
http://www.misitio.com/directorio/
Ya nos contaras.
Saludos