Windows bloqueado por virus

[PPLPU]

Hola a todos, mi computadora fue infectada por un virus, la analice y lo que quedo de el (aun sin borrar) fue la pantalla de bienvenido del windows que aparece con el usuario de administrador y al dar clic ahi para entrar sale la pantalla que dice "guardando su configuracion" y de ahi no pasa...
No creen que sea un problema en el registro? Lo he conectado a otra computadora y la he anaizado, me tiro varios virus y los elimino, luego la probe y seguia el mismo problema, asi que desinstale el antivirus e instale otro, me aparecio otro virus, pero mi duda es si el virus se borra deja rastros en el registro que no me permitan entrar...? y de ser asi, existe algun programa para examinar el registro de un disco duro externo? Probe el HiHackThis pero solo funciona para el disco local.
De antemano gracias por su ayuda .