No es un backup. Es simplemente que en muchos hostings se puede acceder a las paginas webs alojadas mediante una ruta desde la IP, por ejemplo: iphosting/~nombre_cuenta . Es muy util cuando estas cambiando de hosting y no quieres cambiar las DNS al nuevo, pero quieres ver como funciona la pagina en el nuevo. Luego cuando cambias las dns al nuevo servidor, este tipo de urls siguen funcionando, incluso funcionan como tudominio.com/~nombre_cuenta .
En tu caso yo creo que es lo que pasa, sobre todo por la cantidad de informacion que aparece en el path. Consultalo con tu host.
Sobre el contenido duplicado, mira lo que dice el propio google
http://googlewebmastercentral.blogsp...t-penalty.html