Hola Nati. Para eso vas a necesitar dos páginas, una que contenga la intro en sí, y otra el Index. En la primera tenés que colocarle la intro. Para eso tenes que exportar la intro hecha en Flash con F12, copiar el tag <OBJECT> que te aparece en el código html de la página exportada y pegarlo en la página de la intro.
Para saltar directo al home, en la intro de Flash tenes que usar getURL al finalizar la animación. Te recomiendo que utilices Saltar intro. Esto ya es una opinión personal, tomala o dejala, pero particularmente me molestaría volver a ver la intro una vez que regreso al sitio.
Espero te sirva.
Saludos. Lucas
Edito: Te agrego una discusión en un blog acerca de las intros en Flash. Está mas que interesante, y como verás es un tema que da para discutir por mucho tiempo, por eso te decía que lo mio es una opinion personal. Espero que te aporte algo:
http://www.agenciaweb.cl/blog/flash-...n-clientes.htm