Es muy extraña esta Consulta

[jurena]

SELECT Hija.ID,Padre.Nombre,(.... Demas campos) FROM Hija INNER JOIN padre ON Hija.ID_padre=Padre.ID ORDER BY (Algun campo) DESC LIMIT 5

Pero debes indexar ID_padre de la tabla Hija, porque imagino que id de la tabla Padre es primary key y ya está indexado.
Empieza con esto, que es lo que te estaba aconsejando Genetix.