Toma el ID de la fila "Si tus datos tienen ID" y comprueba si es numero par, si es impar dale otro color :P.
Código PHP:
echo '<style type="text/css">.green {color:Green} .red{color:Red}</style>';
echo (1&"25") ? "<tr class=\"green\"><td>Texto</td></tr>" : "<tr class=\"red\"><td>Texto</td></tr>";
El
25 es el ID de la fila.