hola, y gracias por preguntar....
el script de arranque solo crea la carpeta
application/ ya que
system/ viene predefinida, sobre esta ultima carpeta (de sistema) no se acostumbra a crear nada dentro... solo aquí se colocan scripts globales, osea, que sirvan en diferentes aplicaciones... etc.
por ejemplo, en las funciones del sistema existen data_source, tempdir, logdir... estas funciones devuelven el nombre del directorio a cargo de tal efecto en la carpeta
defaults/data/ y crea las carpetas o archivos necesarios para diversos efectos (cache, plantillas, etc.)
(ver la documentación en
google code)
tal ves, y es buena recomendación, que des permisos a todos los scripts de
system/ ya que ahí están las funciones que crean lo necesario.... solo una aclaración:
application/ (obvio, scripts... pero estos no deberían crear nada directamente)
defaults/ (carpeta publica, al menos... aquí tampoco debería haber scripts)
system/ (sistema, todas las ordenes salen desde esta central... no mas)
espero me haya explicado bien, suerte!
PDTA:
si después de esto ya no tienes problemas, comenta... ya que son importantes este tipo de detalles... para después agregarlos a la pagina de requerimientos de la Wiki