Ya, a veces pasa... no siempre los conversores DVD->AVI dejan el AVI bien, para esos arreglos a posteriori sí está muy bien el virtualdubmod

También para cortar/unir, recomprimir, subtitular, etc...
En mi opinión, el virtualdubmod es de las herramientas que más he utilizado en edición de vídeo

por lo que aprender su uso está mucho más que recomendado