Lo puedes hacer facilmente con .htaccess, solo la peticion de tu dominiio tendra acceso
<Files "*.*">
Order Allow,Deny
Allow from env=local_ref
</Files>
PD: Solo tiene accesso desde dentro de tu pagina, si das enlaces externos del tipo
www.loquesea.com/pdf/loquesea.pdf y si alguien quiere ir directamente se deniega el acceso.
Ahora si quieres que tengan acceso a las paginas donde estan los enlaces las personas registradas, tendrias que usar sesiones como te dijeron arriba.
Saludos