Si metes los campos File en un array como haces tu puedes recogerlos de la siguiente manera:
$_FILES['file']['name'][0] <-- Para el primero, luego 1 y asi sucesivamente.
Haz el bucle, y metes la variable FILES asi como te mostre.
Al final de cada bucle metes la consulta.
Tambien ponle un IF al bucle ... Si el campo esta vacio, usa
continue; para saltar a la proxima iteracion. Asi no se procesan datos vacios y no te mostrara error.
Si el codigo no lo hiciste tu, o no sabes como hacerlo.
Creo que hay un ejemplo de como subir varios archivos en la seccion de FAQs.
Miralo aqui:
http://www.forosdelweb.com/948747-post139.html