Antes que nada hola, espero aun te sirva goomba, aunque lo dudo mucho, pero la info aqui la dejo de igual manera; a mi me ocurrio algo parecido y lo solucione de la siguiente manera :
Código:
obj = opener.document.createElement('input');
obj.type='button';
obj.value='Eliminar';
obj.setAttribute('onclick','elimina()');
function elimina(){
alert("si jalo");
}
con este codigo aun cuando cierres la ventana secundaria, el onclick se ejecuta sin problemas.