Según te he entendido no necesitas javascript para abrir enlaces de un menú en un iframe, sólo necesitas crear el iframe (con sus medidas), ponerle un nombre (name) y a los enlaces ponerle que abran en ese nombre, por ejemplo:
<iframe name="caja"></iframe> (tienes que ajustarlo: darle las medidas, colocación, etc)
y este sería el tipo de enlace:
<a target="caja" href="http://www.elpais.com">El País</a>
Saludos