No he podido solucionar el problema. Mi servidor no acepta .htaccess
y si realizo una redireccion 301 directamnete en la página index.php (mediante codigo php) se realiza una redireccion continua ya que estamos hablando del mismo archivo.
Ahora bien hago una consulata que quizás solucione el problema pero no he probado todavia:
Sabemos que google está tomando las URL
http://www.dominio.com/directorio/index.php y
http://www.dominio.com/directorio/
como dos URL totalmente diferentes. Espo eso que me avisa de etiquetas de titulo y metadescripcion duplicada.
Ahora, si coloco en el robots.txt que NO indexe la URL
http://www.dominio.com/directorio/ pero que si indexe
http://www.dominio.com/directorio/index.php
en algun momento eliminara todo enlace hacia la URL especificada en el robots.txt por lo que en teoría no estaría mostrando advertencias sobre contenido duplicado.
Bueno espero consejos ya que me estoy volviendo un poco loco con esto y tengo miedo que san google me penalice el sitio por este motivo.
Saludos