Lo que puedes hacer es algo así:
1 - Creas una Tabla, luego creas 2 campos (para hacerlo de la forma mas sencilla posible), el primero "ID" que es de la manera en que vas a referenciar a los archivos de descarga, a este campo lo haces autonumèrico y a su ves como clave principal de la tabla, el segundo campo "DESCARGAS" que es ahì donde iràs contando la cantidad de descargas de cada archivo.
2 - En tu página de descarga tendrás un link algo así:
<a href="descargas.php?id=456">Archivo a descargar</a>
hasta aquí no es necesario utilizar código PHP por lo tanto es página puede ser simplemente html, si eso te facilita las cosas.
3 - Creas una página "descargas.php". ahora si necesitarás PHP, tu página debería ser algo así:
primero pones todo el código de la conexión
Si no sabes como hacerlo fijate en las faq's de php
http://www.forosdelweb.com/f18/faqs-php-530600/ Código PHP:
<?php
//Conexion
.................
.................
// Esta sería tu consulta SQL
$sql = "UPDATE contador SET descargas = descargas + 1
WHERE id = $GET[id]" ;
//En esta parte debes ejecutar la consulta
.........
.........
// Y por último inicias la descarga del archivo y redireccionas a la página principal o a donde quieras
?>
Eso es a grandes rasgos la mecánica de lo que quieres, a parte de estar muy simplificado.
Igualmene ye aliento a que leas algún manual aunque sea introductorio a PHP, hay buenos manuales en
www.desarrolloweb.com.
Cualquier duda consulta.
Saludos!