Cita:
Iniciado por Ronruby 
Creo que el problema esta aqui:
order by dotacion.supervisor,centrosdecostos.centrodecosto, dotacion.nombre
ORDER BY solo acepta 1 campo.
Recuerda siempre agregar un or die a tu mysql_query.
mysql_query($query, $link) or die(mysql_error())
Order BY si acepta mas de 1 campo
ahora al tema.. es obio que tu query este mal..
$query="SELECT centrosdecostos.centrodecosto , dotacion.supervisor, dotacion.nombre, count(registroinasistencia.idexcepcion) as faltas
FROM dotacion, centrosdecostos, registroinasistencia where centrosdecostos.id= dotacion.idcc and dotacion.status=0 and registroinasistencia.id =dotacion.id
group by dotacion.cc , dotacion.supervisor, dotacion.nombre order by dotacion.supervisor,centrosdecostos.centrodecosto, dotacion.nombre ";
verifica eso haciendo pruebas directamente a tu MYSQL y nos comentas !!
Saludos