El problkema poco o nada tiene que ver con PHP, sino mas bien con javascript. Publica el HTML que te genera ese script (Ver -> Código fuente), pues javascript es un lenguaje que se ejecuta del lado del cliente con el contenido generado por el servidor (PHP). Aparentemente estás generando bien el select con tu código PHP, por lo que el error es de la forma de llamado al script o algo así, pero del lado del navegador.
Saludos,
