No puedes hacer tal cosa, pues PHP genera un contenido, que suele ser un HTML, y lo envia al cliente (navegador) que realizó la petición al servidor. Una vez el contenido llega al cliente, es el cliente el que analiza el código generado, incluyendo los códigos javascript, y los ejecuta, cuando ya nada tiene que ver el servidor. Un esquema sería:
Cliente --> Petición al servidor --> [SERVIDOR] --> Respuesta del servidor --> Cliente
Respuesta del servidor es un contenido HTML, cookies, etc, que PHP le envia al navegador como repuesta al pedido que se realizó desde este.
Ahora, ya sabiendo esto, entenderás que una funciójn javascript, procesada por el navegador mucho después de que el servidor PHP ha terminado su trabajo, no tiene efecto sobre éste último. Pero descuida, hay miles de maneras de validar un email usando código PHP. En las FAQ's hay un método.
Otra forma sería usar AJAX, para realizar peticiones al servidor una vez la carga y el procesamiento de la página haya terminado en el navegador, pero nisiquiera con eso harás que funciones javascript sean tomadas en cuenta y procesadas por el servidor. Son dos lenguajes totalmente diferentes.
Saludos,
