Hola, desafortunadamente la personalizacion de la ventana del navegador es limitada, lo unico que puedes hacer es ocultar las barras de herramientas, de menu, que tenga un tamanio definidio o que no se redimensione, y algito mas por ahi. Ahora los popups son algo muy molesto, seria mas adecuado que usaras unos div, a los cuales por medio de css, les puedes dar la apariencia que desees, es decir personalizarlo...
