Si es un fichero de log, ¿para que lo quieres en el CVS?
Por otro lado, si es un fichero de log, mientras tu aplicacion este en marcha, estara cambiando todo el rato, asi que es normal que te diga que ha cambiado continuamente, y ademas lo tendra controlado tu aplicacion, asi que mientras no se pare no se podra borrar.
No es nada raro, todo es normal.
Lo "normal" es que los ficheros de log no esten en CVS ni se tengan abiertos en el Eclipse, a no ser que quieras ver el mensajito cada dos por tres.