Bueno, despues de un tiempo de estar buscando encontre la solucion (me la dieron mejor dicho, pero bue...)
El tema es que el php.exe busca automaticamente el primer php.ini que encuentra (que es el que yo tenia instalado, el php5) y al hacer esto obviamente no levantaba el programa.
Solo habia que pasarle como parametro la ruta del php.ini que viene incluido con el agata y ya ejecuta correctamente.
Seria algo asi como tendriamos que modificar el "agata.bat"
Código:
c:\agata\php\php.exe -c c:\agata\php\php.ini c:\agata\agata.php
Propongo que vaya para la FAQ, ya que no hay casi nada acerca de esto en el foro...
BTW: Fea la actitud de tirar el thread en un foro inactivo!