Bueno, en principio, para guardar un proyecto en pinnacle, sólo tienes que ir arriba y pulsar la pestaña "Archivo", eliges la opción "salvar proyecto como..." y escoges un nombre y una carpeta para guardar el proyecto.
Ahora bién, antes de retomar de nuevo el proyecto, es muy importante que TODOS los archivos que usaste en el proyecto (videos, fotos, música,...), continuen estando en la misma carpeta en donde estaban CUANDO LOS INCORPORASTE AL PROYECTO, si no Pinnacle no los encontrará.
Otra consideración seria que, si por cualquier causa (formateo, reparticionado...), la partición en la que se encuentran los archivos del proyecto cambiara de letra, habría que volver a cambiársela por la que tenía antes.
Suerte