Exactamente. mysql_insert_id toma el ID insertado con la conexion ACTUAL al script. Osea, no importa que metan 100 registros al mismo tiempo ... Aun asi tomara el ID de TU insert.
Cita: asigne usted mismo el id "no lo deje autoincrement" con eso se evita ese problema.
Te evitas un problema, pero te ganas 100.