Por lo que veo, usás php. El problema es que estás recargando la página y disparás el alert antes de que esta termine de cargarse y por eso ves la pantalla en blanco hasta que hacés click en el botón aceptar. Una solución simple es hacer aparecer el código que dispara el alert justo antes de la etiqueta de cierre del body:
Código PHP:
<!--resto de la página y, antes del cierre del body:--->
<?php
echo '<script>alert("mensaje");</script>';
?>
</body>
</html>