Hola Dundee, cómo vas??
1. Por qué actualizas 2 veces?, así lo necesitas luego?? Lógicamente, la segunda consulta (la que repites) va a tener error, por que te arroja el resultado de la primera
Código PHP:
$sSQL =mysql_query ( "UPDATE pedidos_articulos SET unidades='$row[1]' WHERE pedidoid='$row[0]' ");
$result=mysql_query($sSQL)or die(mysql_error());
Dos veces ejecutas la consulta(porque llamas 2 veces a mysql_query)
2. Le haz hecho "echo" a las consultas para ver que muestra?? Además, al menos que no necesites 2 veces hacer lo mismo

Yo quitaría un mysql_query y haría lo siguiente, para intentar detectar el error si con lo primero que te dije no es suficiente:
Código PHP:
echo $sSQL="UPDATE pedidos_articulos SET unidades='$row[1]' WHERE pedidoid='$row[0]'";
$result=mysql_query($sSQL)or die(mysql_error());
echo "<br />"
Haz probado eso??
Saludos