Jorge: Es mucho mejor utilizar un sitemap XML según el estándar de sitemaps.org. e indicar su ubicación en el robots.txt (Sitemap:
http://www.tusitio.com/sitemap.xml)
Calanda:
Un sitemap de 50.000 URLs está más que bien, solo debes asegurarte de no pasar tampoco el límite de peso, ya que las urls "amigables" suelen terminar haciendose muy largas y generando archivos sitemaps demasiado pesados.
En tal caso, google tendría problemas para acceder y te lo indicaría en webmasters tools. Si llegara a ocurrir, debes bajar la cantidad de urls por sitemap, pero mientras google no diga nada, es que está todo bien.
Con respecto a la indexación, evidentemente hay ciertas páginas que google no ha considerado relevantes para meter al index, tal vez por escases de contenidos o falta de vínculos (tanto internos como externos). De cualquier modo,132.000 de 146.000 es un gran logro!
saludos!