Pues también encontré esas dos maneras solamente, de las cuales la primera es obviamente la más clara. Aparentemente Python no puede hacer esto por sí mismo, necesita llamar a las funciones del SO.
Pero no creo que sea necesario usar un archivo bat, o al menos no es esa la única solución. También puede verse el contenido de os.name:
Código python:
Ver originalso = os.name
if so == "posix":
comando = "clear"
elif so == "nt":
comando = "cls"
os.system( comando )
Los windows basados en NT devolverán "nt", ni idea qué devuelven los 9x... ¿alguien todavía los usa?
Referencia:
http://docs.python.org/lib/module-os.html
Saludos.