Hola.
Yo utilizo Linux y uso estos dos metodos. Desconozco si funciona con Windows, pero por si acaso te los dejo aqui.
Código:
import os, sys
os.system("clear")
Este carga el modulo del sistema operativo y ejecuta la funcion "clear" de shell scripts. Seria "cls" para Windows como ya nombras en tu post.
Este otro lo encontre en la web pero desconozco si es puramente python o no, porque empeze esta misma tarde a programar python. De todos modos, he comprobado que limpia la consola.
Código:
import os, sys
sys.stdout.write(os.popen('clear').read())