Restaurar windows sin alterar aplicaciones

[Testament]

Pues de hecho acabo de encontrar algo que parecia ser un virus, un archivo llamado EKRN.EXE, lo he logrado eliminar pero no ha hecho mucha diferencia. Ahora, al reinstalar el sistema operativo sobre el que ya tengo, efectivamente restaura todos los archivos del sistema, pero me desliga los programas, es decir que los programas siguen ahi pero no aparecen en el menu inicio y hay que llegar a traves del navegador de windows, incluso algunos de ellos, como photoshop por ejemplo, dejan de funcionar y hay que reinstalarlo, no se si esto tambien pudiera aplicarse al caso de mi programa, porque si se desinstala ya la regue, ¿¿¿alguien tiene alguna idea????