Hola Hamwe, cómo vas?
Creo que tienes una confusión en tu lógica, no hay necesidad de crear n archivos por n usuarios :D Simplemente haces el listado de usuarios, y a cada uno, le das un link que te lleve a un archivo php (el que generará tu pdf) y a dicho archivo le pasas por GET el id del usuario, y haces la consulta en tu archivo y con eso... ya puedes generar el pdf.
Asumo que tu clase te permite el envío de parámetros, al menos por GET, la verdad nunca he usasdo esa clase, siempre uso la clase
fpdf.
Espero te sirva,
Saludos