Puedes probar algo como esto
Configuration config = ConfigurationManager.OpenExeConfiguration(Configur ationUserLevel.None);
config.AppSettings.Settings.Remove("connection_str ing");
config.AppSettings.Settings.Add("connection_string ", this.conn.);
config.AppSettings.SectionInformation.ForceSave = true;
config.Save(ConfigurationSaveMode.Modified);
ConfigurationManager.RefreshSection("appSettings") ;
// Ojo eso es para AppSettings, no para la seccion de ConnectionStrings
para ConnectionStrings puedes usar algo como esto
http://blog.roncli.com/2007/07/chang...ig-on-fly.html