Cita:
Iniciado por sasha at mysql dot com en PHP.net 28-Apr-2000 12:43
If you need to close idle persistent connections, set a low wait_timeout in MySQL
En otras palabras, si necesitas cerrar las conexiones persistentes no utilizadas, setea un bajo wait_timeout en MySQL.
Por lo visto es poco probable que se cierre si no se ha cerrado el script global ya que no hay otra manera de hacerlo.
Pero desconozco el tema a profundidad asi que alguien podra aclararlo si estoy equivocado.
Suerte!