He mirado tu código y no lo has puesto bien.
En primer lugar, para que las cajas estén dentro del contenedor tendrán que estar dentro del contenedor, y tú las tienes fuera de éste.
Haz que estén dentro de él, y cuando termina mete el div del corte, y el pie irá a su sitio.
Además has hecho que las columnas estén dentro del div del corte, porque lo has dejado abierto
<div id="content" class="corte">
que no es lo que yo te había puesto
<div class="corte"></div>