sorry amigo por no tener much tiempo pa la explicacion pero lo que tienes que hacer para que sea mas sencillo es generar tu archivo .war y este lo pones en webapps .
explicacion rapida:
el war es un archivo que te encapsula toda la estructura de archivos y carpetas de tu web site y con solo ponerlo en webapps (tomcat, glasfish, jboss, etc) se te genera tu sitio (deploy)
cualquier cosa
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"Un hombre no vale por lo que sabe sino por a cuantos ha enseñado"