mmmm, me aventuraria a decirte q podrias hacer 2 consultas una para sqlserver y la otra para el mysql y luego con do{}while(), vayas comparando cada registro de tu consulta (mssql) con los de la consulta (mysql) y usar una bandera si no esta se lo inserta en la tabla de mysql, mm algo asi:
//suponiendo la tabla con los siguientes campos
nombre: tabla
campos
. codigo
. nombre
. descripcion
Código PHP:
mssql_connect($server, $username, $password);
$sqlsvr= mssql_query( "SELECT * FROM tabla");
$row_sqlsvr = mssql_fetch_assoc($sqlsvr);
mysql_connect($server, $username, $password);
$sqlmy= mysql_query( "SELECT * FROM tabla");
$row_sqlmy = mssql_fetch_assoc($sqlmy);
do{
$b =0;
do{
if ($row_sqlsvr['codigo']==$row_sqlmy['codigo'])
$b =1;
}while($row_sqlmy = mssql_fetch_assoc($sqlmy));
if ($b == 0){
$sqlinsert= mysql_query( "insert into tabla(codigo,nombre,descripcion)values($row_sqlsvr['codigo'],$row_sqlsvr['nombre'],$row_sqlsvr['descripcion'])");}
}while($row_sqlsvr = mssql_fetch_assoc($sqlsvr));
algo asi se me ocurre ojala pueda ayudart y dart una idea.