La idea de mapear bien en los archivos de configuracion para cada clase, es en el momento de hacer la consulta en el lenguaje de consulta de Hibernate (HQL) no tener que usar el lenguaje SQL, sino consultar sobre objetos, y así heredar los elementos de cada objeto.
te tiro un ejemplo: tenés un auto asociado a muchas personas (1:M), cuando consultas por la persona, en el atributo Auto de Persona, ya te trae un objeto Auto cargado con la consulta ya hecha sobre la tabla Auto. Esto agiliza el hacer las consultas, las inserciones. Todo
te dejo un link, fijate los demás capitulos de este manual oficial
http://www.hibernate.org/hib_docs/re...llections.html