Tenés que colocar los href y los src de manera "relativa a la raíz del sitio". Es decir (a manera de ejemplo)
Código:
<img id="header" src="/images/header.jpg" name="header" alt="header" />
<a class="menu" href="/subirDocumento.asp" id="subirDocumento" name="subirDocumento">Subir documento</a>
<a class="menu" href="/conexion/logout.asp" id="logout" name="logout">Logout</a>