te cuento.
tu
index.php tien los tags <head>...</head> y los tags <body>.....</body>. Dentro de este
index.php vos estarías incluyendo el HTML del menu, footer, contenidos, etc...., por ende ya la
index.php hace referencia a los estilos, title, metas, etc....
Cuando del lado del servidor se arma la
index para ser devuelta como un
HTML, esta incluye el HTML del menu (menu.php) y este tomas los estilos (que ya estan cargadios dentro de index.php) ..... ¿me explico?