Carxl,
Desconozco como tendrás montados los enlaces en tu página, pero por mi experiencia y tras poner en practica el mismo sistema de optimización de URL de Balueart, te recomiendo encarecidamente que revises lo sigueinte:
1.- Enlaces en las páginas php: Los enlaces tienen con este sistema de optimización un formateo especifico, por lo que te recomiendo que revises nuevamente el artículo de origen para montar los enlaces correctamente.
2.- Etiqueta BASE: Así mismo, al poner en practica este metodo de optimización, debes de extremar el cuidado en las rutas de tus archivos CSS y JS indicando la ruta completa de los mismos o bien indicando la mediante la etiqueta html <BASE> la ruta www de la página principal.
Si aún así y revisando que has seguido todos los pasos del manual continuas teniendo problemas, no dudes en comentarlo :)
Saludos