Después de pelarme con la hoja de estilos he conseguido solucionarlo. He venido a poner la solución por si a alguien le sucede lo mismo en el futuro y encuentra este post.
Código:
div#content table {
margin-top:30px;
max-width:1000px;min-width:1000px;
}
El problema venía de esa parte de CSS. Si se aplica margen a una tabla se aplica también a TinyMCE. Fallo mío por no ponerle nombre al estilo
Gracias de todas formas
Un saludo