Puedes
generar un código aleatorio con php, o usar la función
time() para obtener una marca de tiempo. Luego, si usas un formulario para subir tus archivos, en la función
move_uploaded_file() o
copy_uploaded_file() puedes agregar ese contenido generado al nombre del archivo (segunda variable de cualquiera de esas funciones). Ahora, si el archivo ya lo tienes en tu servidor, entonces usa la función
rename()
Si tienes dudas, publica el código que usas para subir tu archivo.
Saludos,