Hola:
En esos enlaces deberías poner target="_top"... no parece que el problema se trate de ajax (incluso tampoco javascript)... lo que si he notado es que el uso de estas librerías están haciendo que se cambien los conceptos... un popup es una ventana aparte, y los lightbox no son ventanas sino capas... y menos aún ventanas modales... la cuestión es que si es un enlace, el elemento html que suele usarse son los iframes (maquillados), y la ventana padre sería _parent, y el ancestro (el más alto en la jerarquía de ventanas) es _top.
Pruébalo y nos cuentas...
Saludos
